Comparaisons moléculaires des opsines
 
1s34tp2
Objectif de connaissance. Mécanismes à l'origine d'une diversité de gènes codant pour les pigments rétiniens et liens de parenté entre l'Homme et les autres espèces de Primates.
Matériel. Logiciels Phylogène. Télécharger les fichiers opsines.htm, opsines_homme.edi_adn, opsines_homme.edi_pro et opsineS_mammiferes_pro.edi.
Activité Capacités - Conseils - Exigences
1. À partir de l’exploitation des données moléculaires proposées ainsi que des documents 1 et 2, proposer une explication à la diversité actuelle des pigments rétiniens en précisant la nature de ses étapes.
Recenser, extraire et organiser des informations
- Lancer Phylogène puis ouvrir le fichier opsines_homme.edi_adn : séquences nucléotidiques des gènes des opsines humaines et/ou opsines_homme.edi_pro : séquences polypeptidiques des opsines humaines.
- Tout sélectionner, Aligner les séquences, Options : Distances en pourcentage, Délétions comptées et autres options par défaut ; puis afficher la Matrice des distances (= pourcentages de différences) et l’Arbre.

- Il est attendu un schéma légendé accompagné d'un commentaire argumenté répondant à la question.
2. À partir de l’exploitation des données moléculaires proposées et du document 3, confirmer l’appartenance de l’Homme au groupe des Primates et préciser les relations de parenté entre l’Homme et les autres Primates.
Recenser, extraire et organiser des informations
- Lancer Phylogène puis ouvrir le fichier opsineS_mammiferes_pro.edi : séquences protéiques des opsines bleues de quelques Mammifères dont des Primates.
- Tout sélectionner, Aligner les séquences, Options : Distances en pourcentage, Délétions comptées et autres options par défaut ; puis afficher la Matrice des distances (= pourcentages de différences) et l’Arbre (de parenté).

- Il est attendu un schéma légendé accompagné d'un commentaire argumenté répondant à la question.
Pour travailler ce sujet à la maison voir le manuel (Nathan 1e S) p. 354, 355 - Exercices : 7 p 371..

Matériel

Polycopiés
- 1 fiche élève par élève

Ordinateurs
- Copier le dossier TP / 1s34tp2 dans le dossier Ressources / SVT de la classe.

Dans la salle
- Fiches élèves : 1 exemplaire par élève, sur le bureau professeur.

Par poste de travail
- RAS


Commentaire

Conduite de la séance
Pour ouvir un fichier .edi sous Phylogène :
Fichier / Ouvrir / Fichier de molécules / Regarder dans (choisir le dossier) et Fichier de type (Fichier Anagène (EDI) / Ouvrir

Remarque
La structure des protéines et la relation gène-protéine faisant partie du programme de SVT de la classe de Première S, on raisonnera aussi bien à partir des comparaisons de séquences nucléotidiques qu'à partir des séquences protéiques (opsines) codées par les gènes.

Sources
- Fichiers de molécules : acces.ens-lyon.fr
- Démarche version Première S (et éléments de correction) : acces.ens-lyon.fr

Compléments
- Daltonisme (protanopie) : www.ac-nice.fr
- Les opsines : acces.ens-lyon.fr
- Chronologie des mutations des gènes des opsines : www.inrp.fr